В подведомственном Россельхознадзору ФГБУ «ВГНКИ» подготовлено 46 ДНК-библиотек для полногеномного секвенирования бактерий различных видов в рамках НИР

В период с 10 января по 20 июня 2025 года сотрудники отдела молекулярной биологии Всероссийского государственного Центра качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов (ФГБУ «ВГНКИ») подготовили 46 ДНК-библиотек для полногеномного секвенирования бактерий различных видов. Деятельность осуществлялась в рамках выполнения двух научных работ: по ветеринарному мониторингу резистентности бактерий к антимикробным средствам и диагностике состояния микробиома ЖКТ сельскохозяйственной птиц.

С использованием платформы MiSeq (Illumina Inc.) уже были отсеквенированы геномы 13 бактерий, среди которых – представители споровых бактерий рода Bacillus, клостридии, сальмонеллы и другие виды. Кроме того, был проведен биоинформатический анализ данных согласно разработанному ранее алгоритму, в том числе выполнена оценка качества данных секвенирования, первичная сборка геномов de novo, подтверждена видовая принадлежность бактерий.

Подробная генетическая характеристика бактерий на основе метода полногеномного секвенирования включает в себя идентификацию и генотипирование микроорганизмов, поиск генов резистентности, мобильных генетических элементов (плазмид, интегронов, транспозонов и других), поиск факторов патогенности. Эта процедура проводится с целью паспортизации штаммов, депонирования их в коллекциях, а также для оформления патентов.

Всесторонне охарактеризованные штаммы и изоляты бактерий могут быть использованы для микробиологических исследований, связанных с определением чувствительности микроорганизмов к антибиотикам, при диагностике бактериальных инфекций, в качестве положительных контрольных образцов при разработке методик, а также для ретроспективного анализа.

Кроме того, данные полногеномного секвенирования могут быть применены для филогенетического анализа (например, с целью установления родства вакцинных штаммов и изолятов, выделенных из разных источников) и при расследовании вспышек спорадических инфекций. Такая информация может быть полезна в дальнейшем при разработке вакцин против заболеваний для конкретных видов животных.