Ученые ФГБУ «ВНИИКР» проводят уникальную работу по изучению опасных сорняков, вредителей и болезней растений

В подведомственном Россельхознадзору Всероссийском центре карантина растений (ФГБУ «ВНИИКР») впервые начата работа по получению полногеномных последовательностей карантинных и экспортных видов организмов. На основе этих последовательностей будут разрабатываться тест-системы для идентификации карантинных объектов и экспортных видов, которые будут применятся при проведении лабораторной диагностики.

В настоящее время проведена работа по получению полного генома возбудителя рака стеблей сои Diaporthe caulivora, была подготовлена библиотека и проведено секвенирование следующего поколения на приборе Illumina MiSeq. Данный вид относится к регулируемым объектам для некоторых стран, в которые экспортируется отечественная сельхозпродукция. Идентификация возбудителя рака стеблей сои затруднена наличием биологических особенностей объекта. Применение полногеномного секвенирования позволит установить маркерные участки генома, на основе которых будут разработаны современные достоверные методы диагностики. Параллельно с этим проводится работа по подготовке библиотеки для секвенирования близкородственного вида Diaporthe sojae (возбудитель ожога бобов и стеблей сои). В ближайшее время планируется получить последовательности генома этого вида и провести биоинформатическую обработку полученных данных с целью сборки полных геномов данных видов.  Следует отметить, что подобная работа еще не проводилась ни в одной стране мира.

Полученные данные позволят найти уникальные участки генома, на основе которых будут разработаны тест-системы для идентификации этих значимых для экспорта видов.

Продолжаются исследования по изучению структуры организации хлоропластного генома карантинных видов сорных растений и выбора локусов для проведения баркодирования ДНК. Модельным объектом был выбран паслен линейнолистный (Solanum eleagniifolium Cav), идентификация которого морфологическими методами чрезвычайно сложна. Ведется изучение внутри- и межвидового нуклеотидного полиморфизма на основе межгенных спейсеров хлоропластного генома (ndhF-rpl32, trnL-trnT). Это позволит разработать ДНК-маркеры, позволяющие оперативно и точно выявлять этот карантинный организм, способный проникнуть на территорию Российской Федерации в виде посадочного материала (семена и растения для посадки), а также в качестве возможного засорителя подкарантинной продукции (зернобобовые и зерновые культуры).

Направления и результаты научных исследований подведомственного Службе Центра уже сегодня находят широкое практическое применение в аграрной отрасли, позволяя существенно снизить издержки и потери сельхозтоваропроизводителям.