О применении ФГБУ «ВНИИЗЖ» передовых лабораторных методов в области полногеномного секвенирования

В референтной лаборатории вирусных болезней птиц
подведомственного Россельхознадзору ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья
животных» успешно проведена работа по расшифровке генома вируса инфекционного
бронхита кур (ИБК) с использованием методов высокопроизводительного
секвенирования нового поколения.

Для работы использован полевой вирус IBV02-09 генотипа QX,
выделенный от птиц с признаками поражения органов респираторной системы. Выбор
данного генотипа для исследования обусловлен увеличением случаев выявления
генотипа QX на территории РФ за последние годы (2008-2012 гг.). Изоляты
генотипа QX обнаружены на птицефабриках Южного (Краснодарский край, Ростовская
область), Центрального (Курская, Ивановская, Тверская, Воронежская и
Белгородская области) и Приволжского (Самарская область) федеральных округов
России.

Для расшифровки вирусного генома использован метод
пирофосфатного секвенирования (технология 454 Life Sciences). В результате
работы получена нуклеотидная последовательность размером 27569 пар нуклеотидов
(п. н.). Первичный сравнительный анализ показал, что изолят IBV02-09 отличается
от известных штаммов.

Сравнение с другими штаммами показало, что данный изолят
является рекомбинантным вирусом между вирусами генотипа Массачусетс и QX.
Проведенный анализ указывает на высокую вероятность того, что отдельные
рекомбинации произошли в результате вакцинации штаммом H-120 при одновременной
циркуляции на птицефабрике полевого изолята генотипа QX. Наиболее близким в
генетическом плане для изолята IBV02-09 оказался изолят CK/SWE/0658946/10,
выделенный на территории Швеции в 2010 г. и отнесенный к группе QX-like. Группа QX-like
предложена для возможности добавления в генотип QX изолятов вируса ИБК, у
которых в результате крупных мутаций (делеции, инсерции, рекомбинации)
появляется высокий уровень отличия по гену S от типичных представителей
генотипа QX.

Полученные данные показывают на продолжающееся активное
формирование новых генетических форм среди вирусов ИБК.

Референтная лаборатория вирусных болезней птиц ФГБУ «ВНИИЗЖ»
обращает внимание владельцев сельскохозяйственных птиц на необходимость
выполнения полного спектра лабораторных исследований при планировании
мероприятий по специфической профилактике данного заболевания.

Справка:

ИБК — высококонтагиозное заболевание, которое поражает птиц
всех возрастов в хозяйствах мясного и яичного направлений и широко
распространено во многих странах. При развитии заболевания поражаются
респираторные органы, почки, а также репродуктивные органы кур. Экономические
потери связаны со снижением прироста массы тела у цыплят-бройлеров, снижением
яичной продуктивности, ухудшением качества яиц у несушек и родительского
поголовья.

Вирус ИБК относится к семейству Coronaviridae, роду Gammacoronavirus.
Обладает геномом размером около 27 000 п. н.