ФГБУ «ВНИИКР» проводит работу по получению полно-геномных последовательностей карантинных и опасных видов организмов

В подведомственном Россельхознадзору Всероссийском центре карантина растений (ФГБУ «ВНИИКР») впервые начата работа по получению полно-геномных последовательностей карантинных и экспортных видов организмов. На основе этих последовательностей будут разрабатываться тест- системы для идентификации карантинных объектов и экспортных видов, которые найдут применение в ежедневной работе Службы и подведомственных ей учреждений.

В текущем году уже завершена работа по получению полного генома возбудителя рака стеблей сои-Diaporthe caulivora, подготовлена библиотека и проведено секвенирование следующего поколения на приборе Illumina MiSeq. Данный вид относится к регулируемым объектам для некоторых стран, в которые в больших объемах экспортируется отечественная продукция. Лабораторная идентификация возбудителя рака стеблей сои от других возбудителей рода Diaporthe затруднена в связи с биологическими особенностями объекта. Применение полно-геномного секвенирования позволит установить маркерные участки генома, на основе которых будут разработаны современные достоверные методы диагностики. Сейчас ведется работа по подготовке библиотеки для секвенирования близкородственного вида Diaporthe sojae (возбудитель ожога бобов и стеблей сои). В ближайшее время планируется получить последовательности генома этого вида и провести биоинформатическую обработку полученных данных с целью сборки полных геномов данных видов. Следует отметить, что эта работа еще не проводилась ни в одной стране мира, и полно-геномные последовательности на эти виды отсутствуют.

Полученные данные позволят найти уникальные участки генома, на основе которых будут разработаны тест-системы для идентификации этих значимых для экспорта видов аграрной продукции.

Одновременно с этим продолжаются исследования по изучению структуры организации хлоропластного генома карантинных видов сорных растений и выбора локусов для проведения баркодирования ДНК. Модельным объектом был выбран паслен линейнолистный (Solanum eleagniifolium Cav), идентификация которого морфологическими методами чрезвычайно сложна. Ведется изучение внутри- и межвидового нуклеотидного полиморфизма на основе межгенных спейсеров хлоропластного генома (ndhF-rpl32, trnL-trnT). Это позволит разработать ДНК-маркеры, позволяющие оперативно и точно выявлять этот карантинный организм – засоритель зерновых и зернобобовых культур, обладающий способностью проникновения и распространения с посадочным материалом (семена и растения для посадки).