В мае 2021 года Управлением Россельхознадзора по Амурской области в ходе досмотра подконтрольных товаров при внутрироссийских перевозках и представленных документов установлено, что двое ветеринарных врачей допустили нарушение при оформлении ветеринарных документов в ФГИС «Меркурий».
В октябре 2020 года Управлением Россельхознадзора по Владимирской, Костромской и Ивановской областям при осуществлении карантинного фитосанитарного контроля за поступающей подкарантинной продукцией на территорию региона с использованием автоматизированной системы ФГИС «Аргус-Фито» было выявлено нарушение требований законодательства в области карантина растений.
В мае 2021 года Управлением Россельхознадзора по Ростовской, Волгоградской и Астраханской областям и Республике Калмыкия совместно с сотрудниками пограничного управления ФСБ России по Республике Калмыкия и Астраханской области при проведении контрольно-надзорных мероприятий в многостороннем автомобильном пункте пропуска «Караузек» (Астраханская область) выявлено семь случаев нарушения законодательства при ввозе растительной продукции на территорию Российской Федерации.
В мае 2021 года должностными лицами Управления Россельхознадзора по Омской области при проведении плановой проверки БПОУ Омской области «Павлоградский техникум сельскохозяйственных и перерабатывающих технологий» (Павлоградский муниципальный район) установлен факт нарушения требований законодательства в сфере обеспечения безопасности зерна.
Управлением Россельхознадзора по Камчатскому краю и Чукотскому АО в апреле 2021 года проведена плановая выездная проверка в отношении Государственного бюджетного учреждения здравоохранения «Чукотская окружная больница» с целью проверки соблюдения требований к качеству и безопасности круп при осуществлении их закупок для государственных нужд.
Должностным лицом Управления Россельхознадзора по Владимирской, Костромской и Ивановской областям в апреле 2021 года на основании имеющейся информации, полученной из программы учета древесины и сделок с ней (ЛесЕГАИС), а также сопоставив ее с данными ФГИС «Аргус-Фито» по выдаче карантинных и фитосанитарных сертификатов, установлены факты нарушений действующего законодательства в сфере карантина растений.